Au courant de la vie, la flore vaginale est fortement influencée par les changements hormonaux. Elle est instable durant la menstruation et après des relations sexuelles non protégées. La valeur du pH augmente ce qui facilite la multiplication excessive de germes pathogènes. On appelle ce disfonctionnement de la flore vaginale une vaginite. La forme la plus étendue est la mycose vaginale et la vaginose bactérienne.